Shepard (número de servicio 5923-AC-2826) fue el primer humano en unirse a los Espectro, una fuerza especial de élite con autoridad asignada por el Consejo de la Ciudadela. Shepard nació el día 11 de abril de 2154, es un graduado del programa N7 de fuerzas especiales de la Alianza de Sistemas, y es asignado inicialmente a la SSV Normandía como Oficial Ejecutivo.
El jugador pasa a elegir la historia de Shepard anterior al servicio por la Alianza, teniendo tres opciones: del espacio, de las colonias o terrestre.
Del espacio: Tus padres pertenecían ambos al Ejército de la Alianza, así que tu niñez la pasaste en diferentes naves y estaciones, sin permanecer muchos años seguidos en un mismo destino. Al final seguiste el ejemplo de tus padres y te alistaste al cumplir los 18.
De las colonias: Naciste y creciste en Mindoir, una pequeña colonia exterior del Través Aticano. Cuando tenías 16 años, unos esclavistas asaltaron Mindoir y aniquilaron a tu familia y a tus amigos. Te salvó una patrulla de la Alianza; pocos años después, te alistaste en el ejército.
Terrestre: Eras un huérfano que creció en las calles de las grandes megalópolis que cubren la Tierra. Al cumplir los 18 escapaste de una vida de crímenes de poca monta y bandas callejeras al alistarte en el Ejército de la Alianza.
Después de la historia anterior al servicio, el jugador debe elegir un perfil psicológico: superviviente, héroe de guerra o implacable — cada uno está relacionado con un evento específico en la historia de la Alianza en el que Shepard tiene un papel fundamental.
Superviviente: Durante tu servicio, una misión salió terriblemente mal. Quedaste atrapado en una situación de supervivencia extrema, y tuviste que superar penurias físicas y psicológicas que habrían acabado con la mayoría de la gente. Sin embargo, tú sobreviviste, resististe cuando todos los demás cayeron. Al final, solo quedaste tú para contar la historia.
Héroe de guerra: Al principio de tu carrera militar, te encontraste frente a una fuerza enemiga abrumadora. Arriesgaste tu vida para salvar a tus compañeros y derrotar al enemigo, a pesar de que parecía imposible. Tu valor y tu heroísmo te han hecho ganar medallas y el reconocimiento de la flota de la Alianza.
Implacable: A lo largo de tu carrera militar siempre te has guiado por un principio: los resultados. Te acusan de frialdad y brutalidad, y tu reputación de eficacia despiadada hace que tus camaradas te miren con reservas; pero cuando el fracaso no es una opción, el ejército siempre piensa en ti.